, including all inherited members.
| BioProteinSequence(const string &) | BioProteinSequence | |
| BioProteinSequence() | BioProteinSequence | |
| BioProteinSequence(const string &seqnam, const string &seq) | BioProteinSequence | |
| BioSequence() | BioSequence | |
| BioSequence(const string &filename) | BioSequence | |
| BioSequence(const string &seqnam, const string &seq) | BioSequence | |
| BioSwissProt() | BioSwissProt | |
| BioSwissProt(const string &) | BioSwissProt | |
| BioSwissProtAc() | BioSwissProtAc | |
| BioSwissProtAc(const string &de_) | BioSwissProtAc | |
| BioSwissProtCc() | BioSwissProtCc | |
| BioSwissProtCc(const string &) | BioSwissProtCc | |
| BioSwissProtDe() | BioSwissProtDe | |
| BioSwissProtDe(const string &de_) | BioSwissProtDe | |
| BioSwissProtDr() | BioSwissProtDr | |
| BioSwissProtDr(const string &) | BioSwissProtDr | |
| BioSwissProtDt() | BioSwissProtDt | |
| BioSwissProtDt(const string &) | BioSwissProtDt | |
| BioSwissProtFt() | BioSwissProtFt | |
| BioSwissProtFt(const string &) | BioSwissProtFt | |
| BioSwissProtGn() | BioSwissProtGn | |
| BioSwissProtGn(const string &) | BioSwissProtGn | |
| BioSwissProtId() | BioSwissProtId | |
| BioSwissProtId(const string &) | BioSwissProtId | |
| BioSwissProtKw() | BioSwissProtKw | |
| BioSwissProtKw(const string &) | BioSwissProtKw | |
| BioSwissProtOc() | BioSwissProtOc | |
| BioSwissProtOc(const string &) | BioSwissProtOc | |
| BioSwissProtOg() | BioSwissProtOg | |
| BioSwissProtOg(const string &) | BioSwissProtOg | |
| BioSwissProtOs() | BioSwissProtOs | |
| BioSwissProtOs(const string &) | BioSwissProtOs | |
| BioSwissProtOx() | BioSwissProtOx | |
| BioSwissProtOx(const string &) | BioSwissProtOx | |
| BioSwissProtReference() | BioSwissProtReference | |
| BioSwissProtReference(const string &) | BioSwissProtReference | |
| BioSwissProtSequence() | BioSwissProtSequence | |
| BioSwissProtSequence(const string &de_) | BioSwissProtSequence | |
| BioSwissProtSq() | BioSwissProtSq | |
| BioSwissProtSq(const string &sq) | BioSwissProtSq | |
| checkProteinSequence() | BioProteinSequence | |
| checkSequence() | BioSequence | |
| find(const string &words) | BioSequence | |
| findAc(const string &) | BioSwissProtAc | |
| findDe(const string &) | BioSwissProtDe | |
| findEntry(const string &) | BioSwissProtId | |
| findGene(const string &) | BioSwissProtGn | |
| findKw(const string &) | BioSwissProtKw | |
| findOc(const string &) | BioSwissProtOc | |
| findOg(const string &) | BioSwissProtOg | |
| findOs(const string &) | BioSwissProtOs | |
| findOx(const string &) | BioSwissProtOx | |
| findPattern(const string &pat) | BioSequence | |
| getActSite(int) | BioSwissProtFt | |
| getAminoAcid(const long &) | BioProteinSequence | |
| getBinding(int) | BioSwissProtFt | |
| getCaBind(int) | BioSwissProtFt | |
| getCarbohyd(int) | BioSwissProtFt | |
| getCcAllergen(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcAlternativeProducts(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcBioTechnology(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcCatalyticActivity(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcCaution(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcCoFactor(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcDatabase(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcDevelopmentalStage(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcDisease(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcDomain(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcEnzymeRegulation(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcFunction(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcInduction(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcMassSpectrometry(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcMiscellaneous(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcPathWay(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcPharmaceutical(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcPolymorphism(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcPtm(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcRnaEditing(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcSimilarity(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcSubCellularLocation(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcSubUnit(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getCcTissueSpecificity(unsigned int) | BioSwissProtCc | |
| getChain(int) | BioSwissProtFt | |
| getConflict(int) | BioSwissProtFt | |
| getCreatedDate() | BioSwissProtDt | |
| getCrossLnk(int) | BioSwissProtFt | |
| getDataStatus() | BioSwissProtId | |
| getDe() | BioSwissProtDe | |
| getDeletedSequence(const long &, const long &) | BioSequence | |
| getDiSulfid(int) | BioSwissProtFt | |
| getDnaBind(int) | BioSwissProtFt | |
| getDomain(int) | BioSwissProtFt | |
| getDr(unsigned int) | BioSwissProtDr | |
| getEntryName() | BioSwissProtId | |
| getExtinctionCoefficient() | BioProteinSequence | |
| getHelix(int) | BioSwissProtFt | |
| getInitMet(int) | BioSwissProtFt | |
| getInsertedSequence(const long &, const string &) | BioSequence | |
| getKw(int) | BioSwissProtKw | |
| getLastAnnotationUpdate() | BioSwissProtDt | |
| getLastSequenceUpdate() | BioSwissProtDt | |
| getLipid(int) | BioSwissProtFt | |
| getMetal(int) | BioSwissProtFt | |
| getModRes(int) | BioSwissProtFt | |
| getMolarExtinctionCoefficient() | BioProteinSequence | |
| BioSwissProtSq::getMolecularWeight() | BioSwissProtSq | |
| BioSwissProtSequence::getMolecularWeight() | BioProteinSequence | |
| getMutagen(int) | BioSwissProtFt | |
| getMutatedSequence(const long &, const char &) | BioSequence | |
| getMutatedSequence(const long &, const string &) | BioSequence | |
| getMutatedSequence(const char &, const char &) | BioSequence | |
| getMutatedSequence(const string &, const string &) | BioSequence | |
| getMutatedSequence(const long &, const long &, const string &) | BioSequence | |
| getMutatedSequence(string &s1) | BioSequence | |
| getNcbiTaxanomyId() | BioSwissProtOx | |
| getNonCons(int) | BioSwissProtFt | |
| getNonTer(int) | BioSwissProtFt | |
| getNpBind(int) | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfAcidicAminoAcids() | BioProteinSequence | |
| getNumberOfActSites() | BioSwissProtFt | |
| BioSwissProtId::getNumberOfAminoAcids() | BioSwissProtId | |
| BioSwissProtSq::getNumberOfAminoAcids() | BioSwissProtSq | |
| getNumberOfBasicAminoAcids() | BioProteinSequence | |
| getNumberOfBindings() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfCaBinds() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfCarbohyds() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfCcAllergens() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcAlternativeProducts() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcBioTechnologies() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcCatalyticActivities() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcCautions() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcCoFactors() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcDatabases() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcDevelopmentalStages() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcDiseases() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcDomains() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcEnzymeRegulations() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcFunctions() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcInductions() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcMassSpectrometries() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcMiscellaneous() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcPathWays() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcPharmaceuticals() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcPolymorphisms() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcPtms() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcRnaEditings() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcSimilarities() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcSubCellularLocations() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcSubUnits() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfCcTissueSpecificities() | BioSwissProtCc | |
| getNumberOfChains() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfConflicts() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfCrossLnks() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfDiSulfids() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfDnaBinds() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfDomains() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfGenes() | BioSwissProtGn | |
| getNumberOfHelixs() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfInitMets() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfKws() | BioSwissProtKw | |
| getNumberOfLipids() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfMetals() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfModRess() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfMutagens() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfNonCons() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfNonPolarAminoAcids() | BioProteinSequence | |
| getNumberOfNonTers() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfNpBinds() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfOccurrences(const char &ch) | BioSequence | |
| getNumberOfOccurrences(const string &pattern) | BioSequence | |
| getNumberOfPeptides() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfPolarAminoAcids() | BioProteinSequence | |
| getNumberOfPropeps() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfReferences() | BioSwissProtReference | |
| getNumberOfRepeats() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfSeCyss() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfSignals() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfSites() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfSSRs(const string &pat, const int &repeats) | BioSequence | |
| getNumberOfStrands() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfTransits() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfTransMems() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfTurns() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfUnsures() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfVariants() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfVarSplics() | BioSwissProtFt | |
| getNumberOfZnFings() | BioSwissProtFt | |
| getOg() | BioSwissProtOg | |
| getOs() | BioSwissProtOs | |
| getPeptide(int) | BioSwissProtFt | |
| getPositionsOfAcidicAminoAcids() | BioProteinSequence | |
| getPositionsOfBasicAminoAcids() | BioProteinSequence | |
| getPositionsOfNonPolarAminoAcids() | BioProteinSequence | |
| getPositionsOfPattern(const string &pat) | BioSequence | |
| getPositionsOfPolarAminoAcids() | BioProteinSequence | |
| getPositionsOfSSRs(const string &pat, const int &repeats) | BioSequence | |
| getPrimaryAccessionNumber() | BioSwissProtAc | |
| getPropep(int) | BioSwissProtFt | |
| getProteinConcentration(double absorption) | BioProteinSequence | |
| getReference(unsigned int i) | BioSwissProtReference | |
| getRepeat(int) | BioSwissProtFt | |
| getSeCys(int) | BioSwissProtFt | |
| getSequence() const | BioSequence | |
| getSequenceLength() const | BioSequence | |
| getSequenceName() const | BioSequence | |
| getSequenceSegment(const long &a, const long &b) | BioSequence | |
| getShuffledSequence() | BioSequence | |
| getSignal(int) | BioSwissProtFt | |
| getSite(int) | BioSwissProtFt | |
| getStrand(int) | BioSwissProtFt | |
| getTransit(int) | BioSwissProtFt | |
| getTransMem(int) | BioSwissProtFt | |
| getTurn(int) | BioSwissProtFt | |
| getUnsure(int) | BioSwissProtFt | |
| getVariant(int) | BioSwissProtFt | |
| getVarSplic(int) | BioSwissProtFt | |
| getZnFing(int) | BioSwissProtFt | |
| operator<(const BioSwissProt &, const BioSwissProt &) | BioSwissProt | [friend] |
| operator==(const BioSwissProt &, const BioSwissProt &) | BioSwissProt | [friend] |
| operator>(const BioSwissProt &, const BioSwissProt &) | BioSwissProt | [friend] |
| readFasta(ifstream &) | BioSequence | |
| seqname_ | BioSequence | [protected] |
| sequence_ | BioSequence | [protected] |
| setAc(const string &) | BioSwissProtAc | |
| setCc(vector< string >) | BioSwissProtCc | |
| setDe(const string &) | BioSwissProtDe | |
| setDr(vector< string >) | BioSwissProtDr | |
| setDt(vector< string >) | BioSwissProtDt | |
| setFt(vector< string >) | BioSwissProtFt | |
| setGn(const string &) | BioSwissProtGn | |
| setId(const string &) | BioSwissProtId | |
| setKw(const string &) | BioSwissProtKw | |
| setOc(const string &) | BioSwissProtOc | |
| setOg(const string &) | BioSwissProtOg | |
| setOs(const string &) | BioSwissProtOs | |
| setOx(const string &) | BioSwissProtOx | |
| setReference(vector< string >) | BioSwissProtReference | |
| setSequence(string, vector< string >) | BioSwissProtSequence | [protected] |
| BioProteinSequence::setSequence(const string &seqnam, const string &seq) | BioProteinSequence | |
| BioSequence::setSequence(const string &seq) | BioSequence | |
| setSequenceName(const string &seqnam) | BioSequence | |
| setSq(string &) | BioSwissProtSq | |
| setSwissProt(vector< string > &) | BioSwissProt | |
| showAc(ostream &=cout) | BioSwissProtAc | |
| showCc(ostream &=cout) | BioSwissProtCc | |
| showDe(ostream &=cout) | BioSwissProtDe | |
| showDr(ostream &=cout) | BioSwissProtDr | |
| showDt(ostream &=cout) | BioSwissProtDt | |
| showFeatureKeys(ostream &os=cout) | BioSwissProtFt | |
| showFt(ostream &=cout) | BioSwissProtFt | |
| showGn(ostream &=cout) | BioSwissProtGn | |
| showHydropathyPlot(const int &windowSize, BioPostScript &ps) | BioProteinSequence | |
| showId(ostream &=cout) | BioSwissProtId | |
| showInFasta(ostream &=cout) | BioSequence | |
| showKw(ostream &=cout) | BioSwissProtKw | |
| showOc(ostream &=cout) | BioSwissProtOc | |
| showOg(ostream &=cout) | BioSwissProtOg | |
| showOs(ostream &=cout) | BioSwissProtOs | |
| showOx(ostream &=cout) | BioSwissProtOx | |
| showPositionsOfAcidicAminoAcids(ostream &os=cout) | BioProteinSequence | |
| showPositionsOfBasicAminoAcids(ostream &os=cout) | BioProteinSequence | |
| showPositionsOfNonPolarAminoAcids(ostream &os=cout) | BioProteinSequence | |
| showPositionsOfPattern(const string &pat, ostream &os=cout) | BioSequence | |
| showPositionsOfPattern(const string &pat, BioPostScript &ps, const int &xpos=100, const int &ypos=650, const int &w=450, const int &h=20) | BioSequence | |
| showPositionsOfPolarAminoAcids(ostream &os=cout) | BioProteinSequence | |
| showReference(ostream &=cout) | BioSwissProtReference | |
| showSequence(ostream &=cout) | BioSwissProtSequence | |
| showShuffledSequence(ostream &os=cout) | BioSequence | |
| showSq(ostream &=cout) | BioSwissProtSq | |
| showSSRs(const string &pat, const int &repeats, ostream &os=cout) | BioSequence | |
| showSSRs(const string &pat, const int &repeats, BioPostScript &ps, const int &xpos=100, const int &ypos=650, const int &w=450, const int &h=20) | BioSequence | |
| showSwissProt(ostream &=cout) | BioSwissProt | |
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